自主飞行控制系统是无人机的核心部分，主要负责数据采集，控制律计算，航线控制，任务执行与管理，紧急情况处理，起飞降落等任务执行。根据小型无人机的特点，姿态控制可采用陀螺与角速度传感器组或红外传感器组等方式，该组能对外界信息进行收集分析并依此为依据向副翼、升降机发出控制指令，从而实现无人机的水平，平稳飞行。导航系统一般直接采用GPS方式导航，如果采取了独立的姿态控制系统，则导航控制工作量大大减轻，导航系统硬件主要负责GPS信息与电子罗盘信息采集，坐标转换，飞行控制策略确定及控制任务执行。无人机起降系统一般采用弹射起飞系统和着落系统，弹射系统由弹射装置构成，着陆系统在无人机机身设计有模块化结构伞舱。